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Ubuntu 服务器多线程不稳定,数据 md5sum 经常变

 7 months ago
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Ubuntu 服务器多线程不稳定,数据 md5sum 经常变

  faoisdjioga · 1 小时 49 分钟前 · 144 次点击

在做生物信息学分析过程中,用到的软件为 R/python ,和一些其他生物分析常用软件,在跑多线程任务时候经常出问题。

1 ) 多线程任务

1.1 ) 比如,Error in unserialize(node$con) ,还有一些 warning ,说是线程没有返回结果(还有其他一些线程错误代码)

1.2) R 和其他的软件在跑多线程的时候,用的__好像__是 c++, 是我 c++还需要进行适配嘛?

1.3) 我 python 跑一些多线程任务时候好像就比较稳定。

2 ) 有些数据存储过程不稳定

2.1 ) 下载的生信数据(fastq.gz)md5sum 不知道什么原因就变了(数据有些 quality, reads 长度不一致),数据不可用

2.2) 但我的一些其他数据好像没有问题,一些基于 R/python 存储的对象,csv ,txt 的超大表格等,没有问题,可以正常读取,数据重新跑,结果也能完美重复,但是我没有 check 过 md5sum

尝试过的解决方法

1 ) 重装系统,

2 ) 换硬盘(固态 -> 硬盘 -> 固态),硬盘挂载方式也从 lvm -> 直接挂载

3 ) ubuntu 桌面卸载

4 ) 换软件版本(尝试了超多的版本)

后来用公司服务器跑就没有什么问题(公司用的是铂金的 cpu )。采取和我本地电脑相同的软件配置,相同的数据。

1 ) 数据稳定

2 ) 一些软件没有报错

目前我只能暂定认为是硬件稳定性不好,

吐血求助: 到底是哪里问题,1 )是家用主板是不是当不了 server ,2 )还是我个人配置问题,3 )还是我硬件没有氪金上高档的。

我的配置是

CPU 12700 (散片),

主板 MSI-B660M ,

内存 DDR4 asgrad 32GB x 3 ,16GB x 1 ( 22 年购买,用的是网上相对很便宜的 DDR4 )

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