准备上传的文件

1. 基因组fasta文件
2. 注释tbl格式文件

tbl格式文件推荐用GB2sequin来准备。

参考博客-转换GenBank文件为tbl格式：https://yanzhongsino.github.io/2022/06/16/biosoft_fileformat_gb2tbl/。

BankIt：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/WebSub/index.cgi

使用BankIt在线上传，允许一次提交多个细胞器基因组序列。

1. 选择上传的数据类别。细胞器基因组选择Sequence data not listed above：organelle。下面列几个常用的：

• Eukaryotic and Prokaryotic Genomes(WGS or Complete): 组装好的真核和原核物种的基因组
• Transcriptome Shotgun Assembly (TSA)：组装好的转录组
• Unassembled sequence reads (SRA)：未组装的测序reads
• Sequence data not listed above：mRNA, genomic DNA, organelle, ncRNA, plasmids…：其他测序数据，细胞器基因组选这个。

1. Contact：填写上传人的信息，包括姓名，学院，学校，地址，城市，地区/省份，邮编，国家，和接收上传信息的邮箱【重要】。
2. Reference：填写提供序列的作者和出版信息。
3. Sequencing Technology：填写测序方法信息，包括测序平台，是否是组装的数据，组装软件和版本，组装样品名称，覆盖度。
4. Nucleotide：填写序列的信息。

• 序列发布的时间，可以指定日期，也可以一通过上传审核就发布。
• 分子类型（Molecule Type）：细胞器基因组选的genomic DNA
• 拓扑结构（Topology）：线型分子（Linear）还是环形分子（Circular）。
• 是否是完整的细胞器基因组：yes/no。
• 核苷酸序列格式：fasta或者alignment，选的fasta
• 上传细胞器基因组的fasta文件

1. Organism：填写Organism name信息，可填物种的学名。
2. Submission Category：测序reads是上传者测序的还是使用的其他已上传序列数据。如果是使用其他已上传reads进行的组装则需要提供已上传reads的accession number。
3. Source Modifiers：资源信息。

• Organelle/Location: 叶绿体/线粒体/其他器官。
• Source Modifier可以填写Country；对应的value填写China。

1. Features：提供注释信息，可以选择tbl文件或者手动填写注释表格，tbl文件的ID和提交的序列ID需要一致。
2. Review and Correct：回顾和确认填写的信息，即可完成提交。

没什么问题的话，两个工作日内会发邮件告知GenBank accession numbers，可用于文章引用。