变异检测（二）之CNV检测
source link: https://shenjia1.github.io/2020/08/06/20200806/
Go to the source link to view the article. You can view the picture content, updated content and better typesetting reading experience. If the link is broken, please click the button below to view the snapshot at that time.
变异检测（二）之CNV检测
发表于 2020-08-06
字数统计: 208
|
阅读时长 ≈ 1
上篇说到CNV检测方法已经有很多了，并且不同的检测方法适用于不同类型的测序数据。针对WES，WGS，Panel，SNParray或Single Cell数据，人们开发了不同的拷贝数变异检测方法。当然总的来说，所有的方法都会包含上篇说的几个步骤，但是不同方法会使用不同的算法去解决这几个步骤的问题。下面我会汇总拷贝数变异检测的软件，罗列各个软件的开发语言，适用的数据类型，以及软件下载路径和参考文献。
软件名称 适用数据类型 开发语言 软件下载路径 参考文献
CNVkit WGS/WES Python
cnvnator WGS C++ CNVnator
canvas WGS C# Canvas
gatk-cnvcaller WGS/WES Java
cn.MOPS WES R
ERDS WGS Perl ERDS
cnv-seq WGS Perl CNVseq
Increment_Ratio_of_Coverage WGS Perl CNVseq
GWCNV WGS
CNVPanelizer WES R CNVPanelizer
CONTRA WES
Atlas-CNV WES R Atlas-CNV
panelcn.mops Panel R panelcn.mops
ximmer
DeviCNV WES Python DeviCNV
Genome STRiP WES
XHMM
ExomeCNV WES
ExomeCopy WES
ExomeDepth WES
CoNIFER WES
cnvOffSeq WES
ClinCNV WES/WGS
HoneyBADGER SingleCell
aneufinder SingleCell
CNVetti SingleCell Rust
PennCNV SNParray C PennCNV
持续更新中……
Recommend
About Joyk
Aggregate valuable and interesting links.
Joyk means Joy of geeK