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gmx_mmpbsa脚本更新：清理整理输出

类别: 科标签: gmx 阅读次数: 版权: (CC) BY-NC-SA

2021-11-26 09:35:17

前段时间有人指出, 我的gmx_mmpbsa脚本的能量分解输出中的残基名称与原始文件中的不一样. 我查看了一下, 确实如此, 因为脚本中对所有残基进行了重新编号. 如果原始文件中的残基编号不是从1开始的顺序编号, 那自然与脚本所给的不一致. 这也不能算是个错误, 只是输出时的不同考虑. 不过考虑到一般是以原始文件的编号为准, 修正一下可能更方便使用.

借着修正这个问题的机会, 我顺便把所有的输出文件也重新清理或整理了一下, 以期更方便查看和使用. 这不是很重要, 却很繁琐. 因为这个脚本已经很长了, 重构起来都有点吃力, 接近快要失去控制的感觉, 生怕修改后的计算结果与以前的不一致. 不过, 好在完成了, 初步测试也没有发现结果错误.

以前的脚本说明文章暂时没有机会修正, 这里简要列出一些更新说明吧:

gmx的屏幕输出保存到_pid.err: 用于查看gmx是否运行成功, 错误信息
每帧的能量分解的pdb输出, 每项都单独列出
- pid~0ns~res_MMPBSA.pdb
- pid~0ns~resMM.pdb
- pid~0ns~resMM_COU.pdb
- pid~0ns~resMM_VDW.pdb
- pid~0ns~resPBSA.pdb
- pid~0ns~resPBSA_PB.pdb
- pid~0ns~resPBSA_SA.pdb
所有帧结果汇总
- _pid~MMPBSA.dat: 主输出文件
- _pid~res.dat: 各个残基每项贡献平均值, 下面为分别列出的数据及相应pdb文件
- _pid~res_MMPBSA.dat
- _pid~res_MMPBSA.pdb
- _pid~resMM.dat
- _pid~resMM.pdb
- _pid~resMM_COU.dat
- _pid~resMM_COU.pdb
- _pid~resMM_VDW.dat
- _pid~resMM_VDW.pdb
- _pid~resPBSA.dat
- _pid~resPBSA.pdb
- _pid~resPBSA_PB.dat
- _pid~resPBSA_PB.pdb
- _pid~resPBSA_SA.dat
- _pid~resPBSA_SA.pdb
主输出文件中计算了Ki值, 给出了一个关于自由能和亲和度的简单表格, 虽然可能没什么用.

+==============================================================+
             dG = RTln(Ki) = -RTln(KA)
             Ki = 1/KA = exp(dG/RT) = IC50 = EC50
+==============================================================+
| M(mol/L) |  m/u/pM | dG(kcal/mol) | dG(kJ/mol) | Affinity    |
|==============================================================|
| 0.1      | 100  mM |    -1.364    |   -5.708   |             |
| 0.01     |  10  mM |    -2.728    |  -11.416   |             |
| 0.001    |   1  mM |    -4.093    |  -17.124   |             |
| 0.0001   | 100  uM |    -5.457    |  -22.832   | Weak        |
|--------------------------------------------------------------|
| 0.00001  |  10  uM |    -6.821    |  -28.540   |             |
| 1.0E-06  |   1  uM |    -8.185    |  -34.248   | Medium      |
|--------------------------------------------------------------|
| 1.0E-07  | 100  nM |    -9.550    |  -39.956   |             |
| 1.0E-08  |  10  nM |   -10.914    |  -45.664   |             |
| 1.0E-09  |   1  nM |   -12.278    |  -51.372   | Strong      |
|--------------------------------------------------------------|
| 1.0E-10  | 100  pM |   -13.642    |  -57.080   |             |
| 1.0E-11  |  10  pM |   -15.007    |  -62.788   |             |
| 1.0E-12  |   1  pM |   -16.371    |  -68.496   | Very strong |
+==============================================================+

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